Rekonstruktion von diploiden Chromatinstrukturen aus Hi-C-Daten mit einem polymerbasierten Ansatz
Slots: 1Stunden pro Woche: 3
Fertigstellung innerhalb: 9 Monate
Studiengänge:
Physik B.Sc.,
Beschreibung
Ein detailliertes Verständnis der 3D-Struktur von Chromatin ist ein Schlüsselelement für die Untersuchung einer Vielzahl von Prozessen innerhalb der Zelle. Da direkte Methoden zur experimentellen Bestimmung dieser Strukturen nicht die gewünschte räumliche Genauigkeit aufweisen, haben computergestützte Inferenzmethoden auf der Grundlage von Einzelzell-Hi-C-Daten großes Interesse geweckt.
Rolle der Studierenden
In diesem Projekt entwickeln wir ein Simulationsprotokoll weiter, um die Auflösung der vorhergesagten Interphasen-Strukturen iterativ zu verbessern und Möglichkeiten zu erforschen, um auch Bulk-Daten zu berücksichtigen. Wir werden zudem Alternativen zu HiC wie mFISH oder GAM als Grundlage für unseren Modellierungsansatz untersuchen.
Notwendige Qualifikationen
Programmierkenntnisse sind notwendig.
Supervisor: Prof. Dr. Peter Virnau
Ort: Campus Mainz
Primäre Sprache: Deutsch
Falls Sie weiterführende Fragen haben, können Sie jederzeit eine E-Mail schreiben an: quest@uni-mainz.de.
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