Multiskalen biomolekulare Simulationen - Analyse von Protein-Interaktionsmustern

Slots: 1
Stunden pro Woche: 4
Fertigstellung innerhalb: 9 Monate

Studiengänge:
Angewandte Physik B.Sc., BMC B.Sc., Chemie B.Sc., Informatik B.Sc., Informatik B.Ed., Mathematik B.Sc., Mathematik-Infomatik B.Sc., Physik B.Ed., Physik B.Sc.,

Beschreibung
In Zusammenarbeit mit unseren experimentellen Laborpartnern am IMB (Insitut für molekulare Biologie) untersuchen wir Protein-Granula. Als eine Form von molekularem Kondensat in Zellen ist es an epigenetischer Vererbung beteiligt. Um die Entstehung zu untersuchen, nutzen wir molekulardynamische (MD) Simulationen und analysieren wiederkehrende Muster in den Proteininteraktionen. Diese helfen uns, den zugrunde liegenden biophysikalischen Mechanismus zu verstehen.

Rolle der Studierenden
Dieses QUEST-Projekt bietet einen ersten Einblick in die biophysikalische Forschung zu Proteinen, die bei der epigenetischen Vererbung eine Rolle spielen. Wir rechnen molekulardynamische (MD) Simulationen auf MOGON2 und fokussieren uns dann auf Mustererkennung. Der Schwerpunkt des Projektes kann selbst wählt werden und besteht in der Weiterentwicklung unseres Python-Workflows: (a) Musteranalyse durch Frequent Item Set Mining oder einfache ML/generative Modelle, (b) Leistungsoptimierung durch Benchmarking und Testentwicklung, oder (c) Erforschung molekularer Systeme durch Sequenzmutationen.

Notwendige Qualifikationen
Neugierde an Simulationen und Methodenentwicklung in Kontext von Biophysik. Interesse an der Zusammenarbeit mit Doktoranden in einer interdisziplinären Arbeitsgruppe. Grundkenntnisse in Python sind hilfreich, eine hohe Motivation Programmierkenntnisse zu entwickeln ist grundsätzlich jedoch auch ausreichend. Ein gewisses Interesse, Erfahrungen im Bereich High-Performance Computing (HPC) Systemen zu sammeln, ist von Vorteil. Die Betreung kann ich Deutsch oder Englisch stattfinden - Arbeitsprache in der Arbeitsgruppe ist Englisch.


Supervisor: Lucia Baltz
Ort: Campus Mainz
Primäre Sprache: Englisch


Falls Sie weiterführende Fragen haben, können Sie jederzeit eine E-Mail schreiben an: quest@uni-mainz.de.

 

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